L’architecture de Santoña est un mélange de styles populaires, militaires et religieux. Le centre-ville présente des bâtiments aux façades traditionnelles, ainsi que plusieurs édifices d’intérêt comme l’église Santa María del Puerto, d’origine romane, et le bâtiment de la mairie, de style classique.
Les passionnés d’histoire militaire peuvent visiter les fortifications du XIXe siècle autour du mont Buciero, notamment le Fort de San Martín et le Fort de Napoléon, qui offrent des vues spectaculaires sur la côte. Les sentiers du mont permettent également d’accéder au célèbre phare du Caballo, accessible par une descente de plus de 700 marches sculptées dans la roche.
Le port de pêche, avec ses bateaux colorés, ses conserveries et ses halles animées, est un lieu incontournable pour s’immerger dans l’ambiance locale. Le Centre d’Interprétation des Marais propose quant à lui une exploration pédagogique de l’écosystème unique qui entoure la ville.