Santoña est facilement accessible depuis Santander (environ 40 minutes en voiture), qui dispose d’un aéroport international (Seve Ballesteros) et d’une gare ferroviaire reliée à Madrid, Bilbao et d’autres grandes villes. La route CA-141 relie directement Santoña à la côte cantabrique.
Des lignes de bus régionales assurent des liaisons régulières avec Laredo, Santander, et d’autres villes voisines. Une fois sur place, Santoña est une ville à taille humaine où il est facile de se déplacer à pied ou à vélo. Des sentiers aménagés permettent également de relier les plages et les zones naturelles environnantes.
Pour les visiteurs motorisés, des parkings sont disponibles à proximité du centre-ville et des plages. En saison estivale, un service de navette et des liaisons maritimes (bateaux-taxis) sont parfois mis en place pour accéder à certains sites côtiers comme le Phare du Caballo.