Santoña est située sur la côte nord de l’Espagne, au bord de la mer Cantabrique, à environ 45 kilomètres à l’est de Santander. Elle est enclavée entre la baie de Santoña, le marais naturel des Joyel et les montagnes du Mont Buciero, qui offrent des panoramas spectaculaires et une biodiversité remarquable.
La ville est bordée par plusieurs plages célèbres, comme Berria, idéale pour les surfeurs, ou San Martín, plus tranquille et propice à la baignade en famille. À proximité, on trouve également des espaces naturels protégés comme le Parc Naturel des Marais de Santoña, Victoria et Joyel, l’un des plus importants écosystèmes humides du nord de l’Espagne.
Le climat est océanique avec des températures modérées toute l’année. Les étés sont doux (environ 22-25 °C), parfaits pour profiter des plages et activités nautiques, tandis que les hivers restent tempérés et humides. Le printemps et l’automne sont idéals pour les randonnées et l’observation de la faune, notamment les oiseaux migrateurs.