Pedreguer est facilement accessible par la route, notamment via l’autoroute AP-7 (sortie Ondara-Dénia) et la N-332, qui relie toute la côte méditerranéenne. Elle se trouve à environ 90 km de l’aéroport d’Alicante et 100 km de celui de Valence, tous deux bien desservis.
Des lignes de bus régionaux relient Pedreguer aux villes voisines comme Dénia, Xàbia, Gata de Gorgos ou Benissa. La ville est également proche de la gare ferroviaire de Gata, qui permet de rejoindre la ligne ferroviaire côtière jusqu’à Alicante via Benidorm.
Le centre-ville est facilement praticable à pied, et plusieurs parkings sont disponibles pour les visiteurs. Des taxis locaux et des navettes touristiques (en saison) assurent aussi des liaisons avec les plages et les hôtels.