San Juan de Alicante est très bien desservie. Elle est située à seulement 20 minutes de l’aéroport d’Alicante-Elche, accessible par l’autoroute A-70. La ville est également reliée à Alicante, El Campello, et Mutxamel par un réseau de bus interurbains fréquents.
Depuis Alicante, le tramway permet d’accéder aux plages et aux zones touristiques en bord de mer. San Juan est aussi facilement joignable en voiture ou en taxi, avec de nombreuses zones de stationnement gratuites ou réglementées dans le centre et en périphérie.
La ville favorise les déplacements doux : pistes cyclables, zones piétonnes, transports scolaires et services de location de vélos sont en pleine expansion. Le centre-ville étant relativement compact, la plupart des déplacements peuvent se faire à pied.