L’economia di Aljaraque si basa principalmente sui servizi, l’agricoltura e l’edilizia residenziale, grazie alla sua funzione di città dormitorio per la vicina Huelva. Negli ultimi anni ha conosciuto una crescita significativa del settore turistico, attratto dalla qualità della vita e dalla vicinanza a siti naturalistici e balneari.
L’agricoltura locale si concentra su colture mediterranee, come ulivi, agrumi e ortaggi, mentre l’artigianato rappresenta una piccola ma importante nicchia economica.
Il commercio di prossimità è ben sviluppato, con mercati settimanali e negozi locali che vendono prodotti tipici. La città è anche sede di piccole imprese nei settori della logistica, della ristorazione e dell’intrattenimento.