Azuqueca de Henares è perfettamente collegata a Madrid grazie alla linea ferroviaria C-2 Cercanías, che permette di raggiungere la capitale in circa 35 minuti. Inoltre, la città è servita dall’autostrada A-2, uno dei principali assi di comunicazione della Spagna centrale.
Per chi arriva in aereo, l’Aeroporto Adolfo Suárez Madrid-Barajas dista meno di 30 km, rendendo Azuqueca facilmente accessibile anche per i visitatori internazionali. È presente anche una stazione degli autobus con linee regionali verso Guadalajara, Alcalá de Henares e Madrid.
A livello urbano, la città dispone di un sistema di trasporto pubblico gestito da autobus, oltre a numerose piste ciclabili che incentivano la mobilità sostenibile. Il centro è facilmente percorribile a piedi, con percorsi pedonali ben segnalati.