El Molar si trova nella parte settentrionale della Comunità di Madrid, nella zona della Sierra Norte, ed è situata su una dolce altura che le conferisce viste panoramiche sul paesaggio circostante. Non è una città costiera, bensì un centro interno immerso nella campagna madrilena, caratterizzato da colline, vigneti e uliveti che contribuiscono alla bellezza del paesaggio.
La città è vicina a luoghi di interesse naturalistico come la Sierra de Guadarrama e il Parco Regionale del Cuenca Alta del Manzanares. Inoltre, la vicinanza all’autostrada A-1 garantisce un collegamento rapido con Madrid, San Sebastián e Burgos, rendendola facilmente raggiungibile sia da nord che da sud.
Il clima di El Molar è di tipo mediterraneo continentale, con estati calde e secche e inverni freschi e moderatamente freddi. Le stagioni ideali per visitarla sono la primavera e l’autunno, quando le temperature sono miti e il paesaggio naturale è al suo massimo splendore.