Palos de la Frontera è facilmente raggiungibile in auto, essendo collegata tramite autostrade e strade statali alla vicina Huelva (15 km) e a Siviglia (circa 1 ora in auto). L’aeroporto più vicino è quello di Siviglia (Aeropuerto de Sevilla), che offre voli nazionali e internazionali.
La stazione ferroviaria più vicina si trova a Huelva, da cui è possibile proseguire in autobus o taxi fino a Palos. Inoltre, diversi servizi di autobus regionali collegano Palos alle città limitrofe e ai principali snodi di trasporto.
Una volta in città, muoversi è semplice grazie alle sue dimensioni contenute. È possibile esplorare il centro a piedi o in bicicletta, mentre i collegamenti verso La Rábida o le aree rurali sono garantiti da servizi navetta o auto private.