Pamplona è facilmente raggiungibile in aereo, grazie all’aeroporto situato a circa 6 km dal centro, con collegamenti regolari verso Madrid e Barcellona. In alternativa, si può arrivare in treno da città come Saragozza, Barcellona e Madrid grazie alla rete ferroviaria Renfe.
Anche l’autostrada A-15 collega Pamplona con il resto della Spagna settentrionale e il sud della Francia. La stazione degli autobus offre collegamenti frequenti con molte città spagnole e francesi.
Il trasporto urbano è ben organizzato, con una rete di autobus pubblici efficienti e piste ciclabili. Il centro è in gran parte pedonale, il che lo rende facilmente esplorabile a piedi o in bicicletta.