San Javier è facilmente raggiungibile grazie alla sua posizione strategica. Sebbene l’aeroporto locale sia stato trasformato in base militare, l’Aeroporto Internazionale della Regione di Murcia (RMU) si trova a soli 30 minuti di auto, mentre l’Aeroporto di Alicante è raggiungibile in circa un’ora.
La città è ben collegata tramite autostrade (AP-7 e N-332) e dispone di linee di autobus che la connettono alle principali città della regione. Inoltre, è vicina a diverse stazioni ferroviarie, come quella di Balsicas-Mar Menor.
All’interno della città, i trasporti pubblici includono autobus urbani e taxi, ma data la dimensione compatta di San Javier, è molto comoda da esplorare a piedi o in bicicletta. Diverse piste ciclabili collegano le aree residenziali e turistiche.