Santoña si trova nella parte nord-orientale della Cantabria, affacciata direttamente sul Mar Cantabrico. La città è incastonata tra il Monte Buciero e la baia di Santoña, una delle zone umide più importanti della Spagna, dichiarata riserva naturale. Questa posizione strategica offre un equilibrio unico tra mare, montagna e pianura, ideale per escursioni, attività nautiche e turismo naturalistico.
Tra le città vicine più importanti troviamo Santander (a circa 45 km), capitale della Cantabria, e Bilbao (a circa 90 km), una delle metropoli più vivaci del nord della Spagna. Inoltre, l’autostrada A-8 consente un accesso rapido ad altre destinazioni costiere e all’entroterra montano.
Il clima di Santoña è di tipo oceanico, caratterizzato da estati fresche e inverni miti, con precipitazioni distribuite durante tutto l’anno. I mesi migliori per visitare la città sono quelli compresi tra maggio e settembre, quando le temperature sono piacevoli e le attività all’aperto raggiungono il loro apice.