Santoña ha radici antiche che affondano nell’epoca romana, ma il suo sviluppo come centro marittimo e commerciale è legato soprattutto al Medioevo. In epoca moderna, la città ha avuto un ruolo strategico grazie alla sua posizione portuale e alle fortificazioni costruite per difendere la costa, come il Forte di San Martín e il Forte di San Carlos.
Culturalmente, Santoña è conosciuta per le sue tradizioni legate alla pesca e alla lavorazione delle acciughe. Le feste patronali, come la Virgen del Puerto (settembre) e il Carnevale Marino, sono esempi vibranti di folclore locale, con sfilate, musica, danze e rievocazioni storiche che coinvolgono l’intera comunità.
Una delle figure più importanti nella storia locale è Juan de la Cosa, cartografo e navigatore originario di Santoña, noto per aver partecipato ai viaggi di Cristoforo Colombo e per aver disegnato la prima mappa del mondo che includeva l’America. Una statua e una targa commemorativa ne ricordano la memoria nella città.