L’architettura di Santoña riflette la sua storia marinara e militare. I forti di San Martín, San Carlos e il mirador della Virgen del Puerto rappresentano testimonianze ben conservate dell’ingegneria militare del XVIII e XIX secolo. Il centro storico presenta edifici tipici cantabrici, con balconi in legno e facciate color pastello.
Una delle principali attrazioni è la passeggiata lungo il monte Buciero, che conduce al faro del Cavallo (Faro del Caballo), un faro dismesso situato su una scogliera spettacolare raggiungibile solo a piedi o via mare, con oltre 700 gradini scolpiti nella roccia. Il panorama è mozzafiato.
Altri luoghi imperdibili includono il Parco Naturale delle Marismas de Santoña, Victoria y Joyel, una delle zone umide più importanti della Spagna per il birdwatching, e il Museo delle Acciughe, che racconta la tradizione della lavorazione del pesce in città.