La cucina di Santoña è profondamente legata al mare. Il prodotto più rappresentativo sono le acciughe del Cantabrico, preparate secondo metodi artigianali e servite come tapas, in insalata o accompagnate da burro locale.
Altri piatti tipici includono il marmitako (stufato di tonno con patate), il cocido montañés (una zuppa ricca con fagioli e carne), e i frutti di mare freschi, che abbondano nei ristoranti locali. La qualità del pesce fresco è garantita dalla flotta peschereccia locale.
I ristoranti come “Casa Emilia”, “Asador El Puerto” e “La Lonja” offrono esperienze culinarie autentiche, spesso con vista sul mare o sul porto. Durante l’estate si svolgono anche sagre gastronomiche dedicate al pesce azzurro e alla cucina cantabrica tradizionale.