L’economia di Rota si basa principalmente sul turismo, grazie alla sua posizione privilegiata e al fascino della costa. Ogni anno, la città attira migliaia di visitatori, soprattutto spagnoli e statunitensi, per via della presenza della base militare USA-Naval Station Rota, che rappresenta anche un importante polo economico e occupazionale.
L’agricoltura, soprattutto la coltivazione di ortaggi e fiori, continua a rivestire un ruolo importante. L’area circostante produce anche eccellenti vini, parte della Denominación de Origen di Jerez-Xérès-Sherry, e altri prodotti tipici come l’olio d’oliva e il pesce fresco.
Infine, sono presenti attività artigianali tradizionali legate alla ceramica, alla produzione tessile e alla lavorazione della pelle. Anche il settore dei servizi è in crescita, con l’apertura di nuove strutture ricettive e spazi per eventi e congressi.