Baena è facilmente raggiungibile da Córdoba (a circa 50 minuti di macchina) e da Granada (a 90 minuti), ed è ben collegata da strade statali e regionali. L’aeroporto più vicino è quello di Córdoba, mentre gli aeroporti internazionali più utilizzati sono quelli di Malaga e Siviglia.
Nonostante la città non abbia una stazione ferroviaria propria, è collegata a diverse linee di autobus regionali che la rendono accessibile anche con i mezzi pubblici. Una volta arrivati, la città è facilmente esplorabile a piedi, grazie alle dimensioni contenute del centro storico.
Il servizio di taxi è disponibile, e alcune strutture ricettive offrono navette o noleggio biciclette per spostarsi nei dintorni. Le strade sono generalmente ben mantenute, anche quelle rurali che conducono ai frantoi o ai siti naturali.