Loja è ben collegata al resto dell’Andalusia. Si trova a circa 55 km da Granada e a 70 km da Málaga, entrambe servite da aeroporti internazionali. La stazione ferroviaria Loja-San Francisco offre collegamenti con l’AVE (alta velocità), rendendo la città facilmente raggiungibile da Madrid, Siviglia e Granada.
L’autostrada A-92 attraversa la città, facilitando l’accesso in auto da ogni parte della regione. Gli autobus locali e regionali collegano Loja con paesi vicini e con le principali città andaluse.
All’interno della città, il trasporto urbano è garantito da un sistema efficiente di autobus e taxi. Loja è anche una città da vivere a piedi, grazie al suo centro compatto e alla presenza di percorsi pedonali e ciclabili.