Moguer si trova nella provincia di Huelva, nella parte sud-occidentale della Spagna, in Andalusia. La città è situata a pochi chilometri dalla costa atlantica, immersa in un paesaggio dolcemente collinare punteggiato da campi agricoli, pinete e zone umide. La sua posizione la rende facilmente accessibile da Huelva, che dista solo 20 km, e da Siviglia, a circa un’ora di auto.
La vicinanza al Parco Nazionale di Doñana, uno dei più importanti ecosistemi d’Europa, aggiunge un forte valore naturalistico alla città. Il fiume Tinto scorre nelle vicinanze, offrendo paesaggi pittoreschi e opportunità per attività fluviali. Le spiagge della Costa de la Luz sono facilmente raggiungibili, rendendo Moguer un punto strategico per esplorare il litorale.
Il clima è tipicamente mediterraneo con influenze oceaniche: inverni miti e estati calde e secche. I mesi migliori per visitare la città sono la primavera e l’autunno, quando le temperature sono gradevoli e il paesaggio è particolarmente rigoglioso.