Moguer è facilmente raggiungibile in auto tramite la rete stradale andalusa. L’autostrada A-49 collega la città con Huelva e Siviglia, dove si trovano gli aeroporti internazionali più vicini (Aeroporto di Siviglia a circa 100 km).
La città è servita da autobus regionali che collegano con regolarità Moguer a Huelva e ad altri centri vicini. Non esiste una stazione ferroviaria in città, ma quella di Huelva, a pochi chilometri, permette collegamenti a lunga percorrenza.
All’interno della città, gli spostamenti sono semplici grazie alla dimensione contenuta del centro urbano. È possibile muoversi agevolmente a piedi o in bicicletta, e sono disponibili taxi e servizi di noleggio per visitare i dintorni.