Santa Margarita si trova nel nord-est dell’isola di Maiorca, la più grande dell’arcipelago delle Baleari. È un comune dell’entroterra, ma si estende fino alla costa attraverso le sue frazioni di Can Picafort e Son Serra de Marina, che si affacciano direttamente sul Mar Mediterraneo.
Il territorio comunale è prevalentemente pianeggiante, con campi coltivati e vigneti che si estendono a perdita d’occhio, offrendo un paesaggio tipicamente mediterraneo. È ben collegato con altre città dell’isola: si trova a circa 50 km dalla capitale, Palma di Maiorca, e a breve distanza da luoghi d’interesse naturalistico come il Parco Naturale di s’Albufera.
Il clima è tipicamente mediterraneo, con estati calde e secche e inverni miti. La primavera e l’inizio dell’autunno sono i periodi migliori per visitare, quando le temperature sono piacevoli e l’afflusso turistico è minore, rendendo il tutto più intimo e godibile.