Portugalete è facilmente raggiungibile da Bilbao tramite la linea 2 della metropolitana, che la collega in circa 20 minuti al centro della capitale basca. È servita anche da autobus e treni della rete cercanías di Renfe. L’aeroporto di Bilbao (a circa 25 km) garantisce collegamenti nazionali e internazionali.
La città è ben strutturata per gli spostamenti a piedi, con ampie aree pedonali e ascensori urbani che facilitano l’accesso alle zone collinari. È anche dotata di una rete di piste ciclabili in espansione e parcheggi per biciclette.
Il trasporto fluviale e la funicolare del ponte di Vizcaya offrono alternative pittoresche per muoversi lungo la Ría. L’accessibilità è uno dei punti di forza della città, rendendola comoda anche per eventi di grandi dimensioni.