L’economia di Azcoitia si basa principalmente sull’industria manifatturiera e metalmeccanica, settori storicamente forti nella regione. La città è sede di piccole e medie imprese altamente specializzate, alcune delle quali esportano prodotti tecnologici in tutta Europa.
L’agricoltura e l’allevamento, sebbene meno centrali rispetto al passato, continuano a rivestire un ruolo importante, soprattutto per la produzione locale di formaggi, salumi e altri prodotti tipici. Le aziende agricole a conduzione familiare contribuiscono al mantenimento del paesaggio e dell’identità gastronomica del territorio.
Il turismo culturale e naturalistico è in crescita, anche grazie alla promozione di percorsi religiosi e storici, come il Cammino Ignaziano, che attraversa la zona e attira pellegrini e viaggiatori da tutto il mondo.