Azcoitia è ben collegata grazie alla rete stradale regionale e alla vicinanza a grandi città basche. L’aeroporto più vicino è quello di Bilbao, a circa 75 km, da cui è possibile raggiungere la città in auto o con trasporti pubblici. Un’altra opzione è l’aeroporto di San Sebastián, più vicino ma con meno voli internazionali.
La rete ferroviaria non arriva direttamente ad Azcoitia, ma la vicina Azpeitia è collegata da una linea locale. Inoltre, linee di autobus regionali forniscono collegamenti regolari con le principali città vicine.
All’interno della città, ci si muove facilmente a piedi o in bicicletta, grazie alla sua dimensione contenuta e alle infrastrutture adeguate. Azcoitia sta anche investendo in mobilità sostenibile, con piste ciclabili e progetti di trasporto urbano ecologico.