Donostia è ben collegata sia a livello nazionale che internazionale. L’Aeroporto di San Sebastián si trova a circa 20 minuti dal centro e offre voli per Madrid, Barcellona e altre città spagnole. Gli aeroporti internazionali di Bilbao e Biarritz (Francia) sono facilmente raggiungibili in auto o autobus.
La rete ferroviaria RENFE collega Donostia a Madrid, Barcellona e ad altre città principali, mentre EuskoTren fornisce collegamenti regionali efficienti. Gli autobus, gestiti da Dbus, costituiscono un sistema di trasporto pubblico moderno e ben distribuito.
La città è compatta e facilmente percorribile a piedi o in bicicletta, grazie a piste ciclabili estese e a un servizio di bike sharing. Anche il servizio taxi è affidabile e disponibile in tutta la città.