San Sebastián de la Gomera si trova sulla costa orientale dell’isola di La Gomera, una delle isole dell’arcipelago delle Canarie, situata nell’oceano Atlantico al largo della costa nordoccidentale dell’Africa. La città si affaccia direttamente sul mare, con un piccolo porto che la collega regolarmente a Tenerife e altre isole vicine. È circondata da un paesaggio variegato, che spazia dalle coste frastagliate alle colline terrazzate e alle montagne verdeggianti del Parco Nazionale di Garajonay.
Tra i principali punti geografici vicini si trovano il già citato Parco Nazionale di Garajonay (patrimonio UNESCO), le scogliere di Los Roques, e le spiagge di sabbia nera come Playa de San Sebastián. L’isola stessa è una delle più piccole e tranquille delle Canarie, ma ben connessa tramite traghetti e voli interni da Tenerife.
Il clima è subtropicale e temperato, con temperature che oscillano mediamente tra i 20 e i 28°C durante l’anno. Le precipitazioni sono scarse, concentrate nei mesi invernali. I periodi migliori per visitare San Sebastián sono la primavera e l’autunno, quando il clima è perfetto per escursioni, eventi all’aperto e attività culturali.