Cuenca è facilmente raggiungibile sia da Madrid che da Valencia grazie al servizio ferroviario ad alta velocità (AVE), con tempi di percorrenza inferiori ai 90 minuti. La stazione Cuenca-Fernando Zóbel è ben collegata al centro tramite autobus urbani e taxi.
Anche in auto, la città è accessibile tramite l’autostrada A-40, che la collega con Toledo e Madrid, e la N-320. Gli autobus regionali garantiscono collegamenti con le città e i villaggi vicini.
All’interno della città, ci si può spostare comodamente a piedi, soprattutto nel centro storico, oppure utilizzare autobus pubblici e taxi. Il parcheggio può essere limitato nel centro, ma ci sono aree apposite nei pressi della città vecchia. Per eventi, sono disponibili servizi navetta su richiesta.