Burgos è ben collegata sia a livello regionale che nazionale. È servita da un piccolo aeroporto (Burgos-Villafría), con voli charter e privati, ma le principali connessioni sono via terra.
La stazione ferroviaria di Burgos Rosa de Lima è un importante nodo sulla linea ad alta velocità Madrid–Irun, rendendo facile e veloce raggiungere la città da Madrid, Valladolid o Vitoria. Sono disponibili anche numerosi collegamenti in autobus a lunga percorrenza.
All’interno della città, il sistema di trasporto pubblico è efficiente e affidabile, con autobus urbani che coprono l’intera area metropolitana. La città è anche bike-friendly, con numerose piste ciclabili e un centro storico facilmente percorribile a piedi.