Palafrugell è ben collegata sia ai principali centri urbani della Catalogna sia alla rete di trasporti pubblici. L’aeroporto più vicino è quello di Girona-Costa Brava, a circa 50 minuti di auto, mentre l’aeroporto di Barcellona-El Prat si trova a circa 1 ora e 45 minuti.
La città non ha una stazione ferroviaria, ma è collegata tramite autobus alle città vicine come Girona e Palamós. Il sistema di autobus locali e regionali è ben sviluppato e consente di muoversi comodamente lungo tutta la Costa Brava.
Per chi viaggia in auto, la rete stradale è efficiente e ben segnalata. All’interno della città e delle frazioni marine, è facile muoversi a piedi o in bicicletta. Numerose strutture ricettive offrono servizi di navetta e noleggio.