Zafra è ben collegata sia su strada che via ferrovia. La città si trova lungo l’autostrada A-66 (Ruta de la Plata), che la collega rapidamente a Badajoz e Siviglia. Dispone di una stazione ferroviaria con collegamenti regolari verso Mérida, Badajoz e altre località della regione.
L’aeroporto più vicino è quello di Badajoz (a circa un’ora di distanza), seguito da quello internazionale di Siviglia, che offre voli nazionali e internazionali e dista circa 1 ora e 30 minuti in auto.
All’interno della città, è facile muoversi a piedi grazie alle dimensioni contenute del centro storico. Esiste anche un servizio locale di autobus urbani e taxi, utili soprattutto per raggiungere le zone periferiche o rurali.