Alcalá de Henares si trova nella parte centro-orientale della Comunità Autonoma di Madrid, nella Spagna centrale, a circa 35 chilometri a est della capitale spagnola. È situata nella fertile valle del fiume Henares, da cui prende il nome, e rappresenta un punto di connessione strategico tra Madrid e la regione di Castiglia-La Mancia. Questa posizione interna, lontana dalle coste, conferisce alla città un clima tipicamente continentale.
Dal punto di vista geografico, Alcalá è circondata da pianure coltivate e dolci colline, e offre una vista privilegiata sui rilievi della Sierra de Guadarrama a nord. La città è ben collegata tramite autostrade e ferrovie sia a Madrid che ad altre città storiche come Guadalajara, Toledo e Segovia, rendendola un ottimo punto di partenza per esplorare la regione.
Il clima è caratterizzato da estati calde e secche, con temperature che possono superare i 35°C, e inverni freddi, spesso con temperature sotto i 5°C. Le stagioni migliori per visitare Alcalá de Henares sono la primavera (aprile-giugno) e l’autunno (settembre-ottobre), quando il clima è mite e gli eventi culturali si moltiplicano.