Alcalá de Henares è facilmente raggiungibile grazie alla sua posizione strategica. L’aeroporto di Madrid-Barajas si trova a meno di 25 chilometri ed è collegato tramite autostrada (A-2) e treni locali (Cercanías).
La città dispone di una propria stazione ferroviaria ben servita dalle linee C2 e C7 del Cercanías Renfe, che collegano Alcalá con il centro di Madrid in circa 40 minuti. Anche la rete di autobus interurbani è efficiente, con partenze frequenti verso Madrid e altre località vicine.
Per muoversi all’interno della città, esiste una rete capillare di autobus urbani e una buona percorribilità pedonale e ciclabile. Il centro storico è in gran parte pedonale, rendendo l’esperienza di visita molto gradevole.