Hoyo de Manzanares si trova nel cuore della Spagna centrale, nella parte nord-occidentale della Comunità di Madrid. È situata a circa 35 chilometri dalla capitale spagnola, Madrid, e sorge ai piedi della Sierra de Guadarrama, una delle catene montuose più importanti della regione. Questo posizionamento strategico la rende facilmente raggiungibile e allo stesso tempo immersa nella natura.
La città è circondata da paesaggi collinari e boschi mediterranei, e fa parte del Parco Regionale della Cuenca Alta del Manzanares, una zona protetta di grande valore ecologico. Nelle vicinanze si trovano anche località montane come Navacerrada e San Lorenzo de El Escorial, oltre al fiume Manzanares che dà il nome alla città.
Il clima di Hoyo de Manzanares è mediterraneo continentale, con estati calde e secche e inverni freddi ma non estremi. La primavera e l’autunno sono i periodi migliori per visitarla, quando le temperature sono miti e il paesaggio è particolarmente suggestivo.