L’economia di San Javier si basa principalmente sul turismo, l’agricoltura e l’aeronautica. Il settore turistico è in continua crescita, grazie alla presenza di spiagge, strutture alberghiere, attività nautiche e culturali.
L’agricoltura continua a svolgere un ruolo importante nell’economia locale, con la produzione di ortaggi, frutta e agrumi destinati sia al mercato nazionale che all’esportazione.
San Javier ospita anche l’Accademia Generale dell’Aria dell’Aeronautica Spagnola, che rappresenta un polo strategico per la formazione militare e ha una forte presenza economica e simbolica sul territorio. Inoltre, la città ospita fiere locali che promuovono prodotti artigianali e agroalimentari tipici della regione.