L’economia di Santoña è tradizionalmente basata sulla pesca e sulla trasformazione del pesce, in particolare delle acciughe, che sono esportate in tutta Europa e rappresentano un vero simbolo gastronomico locale. Le conserve di pesce sono ancora oggi il cuore pulsante dell’economia, con numerose aziende familiari attive nel settore.
Anche il turismo ha assunto un ruolo crescente negli ultimi anni, grazie al patrimonio naturale e culturale della città. Gli sport nautici, il turismo enogastronomico e il trekking attirano ogni anno migliaia di visitatori.
Non mancano attività artigianali legate alla lavorazione del legno e dei metalli, oltre a piccole aziende agricole della zona che producono miele, formaggi e verdure biologiche. Questi prodotti locali vengono spesso venduti nei mercati cittadini o durante eventi gastronomici.